FC Midtjyland blev en realitet i 1999, da man fusionerede eliteholdene i Ikast fS og Herning Fremad. Moderklubberne eksisterer stadigvæk, og FC Midtjylland spiller på Ikasts licens. Der har været gjort adskillige tilløb til denne overbygning, men altså først i 1999 blev det en realitet. Holdet blev indplaceret i næstbedste række (1. division), da det var her Ikast lå ved fusionen. Allerede i første sæson, sikrede FCM sig oprykning til bedste række (Superligaen), med imponerende 14 point ned til nummer to. Allerede fra 2004 etablerede FCM et fodboldakademi, som den første i Danmark. Bl.a. Simon Kjær - senere landsholdsanfører - var udklækket herfra. Efter i små 15 år at have etableret sig med både 2. og 3. pladser i Superligaen, blev det endelig til et mesterskab i 2015. Dette endda efter at klubben havde været tæt på konkurs i 2013, hvorefter aktierne blev opkøbt af den engelske rigmand Matthew Benham, som også ejer Brentford. Siden da er det (2026) blevet til endnu 3 guldmedaljer (2018, 2020 & 2024). Første pokaltriumf kom i hus i 2019 og yderligere en i 2022. I alt er det derudover blevet til 6 sølvmedaljer og 5 bronzemedaljer. I Champions League er FCM aldrig nået længere end til playoff, men i Uefa Europa League er det blevet til 1/16-finale i 2025 og 1/8-finale i 2026.